Факультет математики и компьютерных наук был образован как отделение в рамках физико-математического факультета педагогического института в 1918 году. В то время здесь работала группа выдающихся московских математиков: Н. Н. Лузин, глава отечественной школы теории функций, впоследствии академик АН СССР, чл.-корр. АН СССР А. Я. Хинчин (первый декан факультета), чл.-корр. АН СССР Д. Е. Меньшов. Большой период истории факультета (с 1932 по 1960 год) связан с именем А. И. Мальцева, академика АН СССР, крупнейшего в СССР алгебраиста, логика, получившего фундаментальные результаты в этой области и мировое признание.
Еще в 60‑х годах прошлого века в учебные планы факультета было включено изучение компьютерных наук и вычислительной техники. Планомерное развитие этого направления позволило открыть сначала специализацию «Вычислительная и прикладная математика», а затем, начиная с 2002 года, и ряд самостоятельных образовательных программ бакалавриата и магистратуры.
В настоящее время на факультете проводятся научные исследования по ряду как традиционных (теория функций, дифференциальные уравнения, дискретная геометрия, теория групп, численные методы), так и относительно новых (компьютерная алгебра, теория вычислимости, математические методы обработки и сжатия изображений) направлений теоретической и прикладной математики. Преподаватели факультета поддерживают контакты с ведущими научными центрами страны: Московским, Санкт-Петербургским, Новосибирским и Уральским университетами, Математическим институтом им. В. А. Стеклова РАН, Вычислительным центром РАН, Институтом математики Сибирского отделения РАН. Более 70% преподавателей имеют ученую степень кандидата или доктора наук.
Все занятия на факультете проводятся в малых группах, благодаря чему студенты имеют возможность работать в тесном сотрудничестве с ведущими учеными и педагогами факультета. Значительную часть учебного времени, особенно в магистратуре, занимает индивидуальная подготовка студента к научно-исследовательской и практической деятельности, осуществляемая научным руководителем. Лаборатории факультета оснащены 50 современными компьютерами, подключенными к Интернет, и другим учебным оборудованием. Во всех помещениях сделан ремонт, установлены новая мебель и качественное освещение. Студенты факультета имеют первоочередное право на размещение в общежитии.